Untuk mewujudkan PPN Pemangkat bebas dari korupsi, gratifikasi, dan pungli serta menjadikan peningkatan kualitas pelayanan publik, sebagai pedoman bagi Pegawai PPN Pemangkat harus mengenal, mencegah, dan mengatasi situasi-situasi benturan kepentingan di lingkungan PPN Pemangkat, menciptakan budaya pelayanan publik secara transparan dan efisien tanpa mengurangi kinerja pegawai yang bersangkutan, mencegah terjadinya pengabaian pelayanan publik dan kerugian negara, menegakkan integritas,dan menciptakan pemerintah yang bersih dan berwibawa.

Bentuk korupsi, gratifikasi yang mungkin terjadi di wilayah PPN Pemangkat contohnya seperti pegawai/ petugas menerima uang ataupun barang dari pengusaha ikan, pegawai/ petugas mengambil/ menyalahgunakan uang negara untuk kepentingan pribadi. sedangkan untuk benturan kepentingan contohnya seperti penyalahgunaan pengambilan keputusan akibat adanya hubungan kerabat/ kekeluargaan, petugas pelayanan melakukan tindakan diskriminatif karena adanya hubungan kerabat/ kekeluargaan dan unsur kepentingan yang lain.