Pelabuhan Perikanan Nusantara Palabuhanratu berada pada Teluk Palabuhanratu yang merupakan bagian dari perairan Samudera Hindia (WPP-RI 573). Dilatarbelakangi adanya potensi perikanan di sekitar Palabuhanratu, maka dibangunlah Pelabuhan Perikanan Nusantara (PPN) Palabuhanratu pada tahun 1991 – 1993 dengan dana pembangunan pada tahap awal bersumber dari Asian Development Bank (ADB) dan Islamic Developmnet Bank (ISDB) dan pada tanggal 18 Februari 1993 diresmikan operasionalnya oleh Presiden RI.

Pelabuhan Perikanan Nusantara Palabuhanratu telah mengalami dua tahap pembangunan, yaitu pembangunan tahap pertama pada tahun 1993 kemudian pembangunan tahap kedua selama periode tahun 2003 sampai sekarang yang merupakan pengembangan pembangunan tahap pertama. Pembangunan Pelabuhan Perikanan tahap pertama ditujukan untuk menunjang aktivitas perikanan terutama unit penangkapan ikan dengan ukuran kapal sampai 30 GT dan pembangunan Pelabuhan Perikanan tahap kedua untuk menunjang aktivitas kapal berukuran 30 GT sampai dengan 150 GT.

Keberhasilan Pelabuhan Perikanan Nusantara Palabuhanratu  dalam pembangunan perikanan dan kelautan berkorelasi dengan kesejahteraan masyarakat pada umumnya.Penghargaan yang diterima PPN Palabuhanratu adalah dari Menteri Pertanian Republik Indonesia pada tahun 1999 berupa Piala Abdibakti Tani, pada tahun 2005 yaitu Adibakti Mina Bahari sebagai unit kerja pelayanan publik terbaik di lingkup Kementerian Kelautan dan Perikanan tahun 2007 dan pada tahun 2012 PPN Palabuhanratu mendapatkan kembali Piala Adibakti Mina Bahari bidang pelayanan terbaik lingkup Kementerian Kelautan dan Perikanan.