Kabupaten Merauke dengan luas wilayah 45.071 KM² terletak sangat strategis di kawasan timur Indonesia dan bila dilihat dari aspek wilayah, letak Kabupaten Merauke berada di bibir pantai Laut Arafura dengan panjang garis pantai 350 KM berbatasan langsung dengan Papua New Guinea dan Australia.

Memiliki jumlah penduduk tahun 2009 sebanyak 195.747 jiwa dengan jumlah nelayan sebanyak kurang lebih 21.969 orang

(sumber : Laporan Tahunan Dinas Kelautan dan Perikanan Kabupaten Merauke tahun 2009)

Potensi Sumber Daya Ikan (SDI) Laut Arafura :

Pelagis Besar : 50.900 Ton

Pelagis Kecil : 468.700 Ton

Demersal      : 246.800 Ton

Udang           :   21.500 Ton

Cumi-cumi    :     3.400 Ton

Total Produksi Perikanan Tahun 2006 - 2010 antara lain :

Eksport         :  114.434.719 Kg

Antar Pulau  :    10.640.025 Kg

Lokal            :    17.980.745 Kg

Sesuai data Kemeterian Kelautan dan Perikanan Republik Indonesia sampai pada tahun 2010 terdapat kurang lebih 800 kapal penangkap ikan diatas 50 GT yang berijin di Laut Arafura dan yang berpangkalan di Kabupaten Merauke terdapat 96 kapal, namun disinyalir masih terdapat lebih banyak lagi kapal perikanan yang beroperasi di Laut Arafura namun tidak berijin bahkan mereka melakukan aktifitas bongkar muat hasil perikanan di tengah laut, dimana hal ini dapat dibuktikan dengan banyaknya kapal-kapal asing yang tertangkap oleh pihak penegak hukum (TNI-AL, Polisi Perairan dan PSDKP).

Dari data kasus Ilegal Fishing sejak tahun 2004 - 2010 terdapat kurang  lebih 52 kasus pelanggaran IUU Fishing di Perairan Arafura dan diperkirakan telah merugikan negara milyaran rupiah

Pelabuhan Perikanan (PP) Merauke sebagai Pelabuhan Perikanan Lingkar Luar Wilayah Perairan Indonesia (Outer Ring Fishing Port /ORFP) yang berada pada perbatasan antara Indonesia dengan Papua New Guinea (PNG) dan Australia memiliki posisi dan peran strategis dalam pengembangan perikanan tangkap di wilayah timur Indonesia khususnya WPP RI - 718 dan sekaligus menjadi instrumen pengawasan terhadap kegiatan penangkapan ikan dan atau kegiatan bongkar muat ikan  serta penanggulangan Illegal, Unreported and Unregulated Fishing (IUU).

Melalui inisiasi antara pusat dan daerah maka pada tahun 2004 dimulai proses tahapan pembangunan Pelabuhan Perikanan (PP) Merauke sampai dengan saat ini.

Berdasarkan :

1. Rekomendasi Gubernur Provinsi Papua Nomor : 523/3945/SET, bulan September 2009, tentang : Pengelolaan Pelabuhan Perikanan Merauke sebagai Unit Pelaksana Teknis (UPT) Departemen Kelautan Dan Perikanan Republik Indonesia. 
2. Rekomendasi Bupati Merauke Nomor : 503 / 1261, tanggal 17 Juli 2009, tentang : Pengelolaan Pelabuhan Perikanan Merauke sebagai Unit Pelaksana Teknis (UPT) Departemen Kelautan Dan Perikanan Republik Indonesia.
3. Rekomendasi Dewan Perwakilan Rakyat Daerah Kabupaten Merauke Nomor : 170/21/REK-DPRD/2009, tanggal 22 Juli 2009, tentang : Pengelolaan Pelabuhan Perikanan Merauke sebagai Unit Pelaksana Teknis (UPT) Departemen Kelautan Dan Perikanan Republik Indonesia.
4. Surat Bupati Merauke Nomor : 590 / 379, tanggal 11 Februari 2010, tentang : Surat Hibah seluas 20 Ha kepada Pemerintah Pusat (Kementerian Kelautan dan Perikanan Republik Indonesia).
5. Berita Acara Penyerahan Sebidang Tanah Seluas 20 Ha dan Pengelolaan Pelabuhan Perikanan Merauke dari Pemerintah Kabupaten Merauke Kepada Kementerian Kelautan dan Perikanan Republik Indonesia Nomor : 590 / 380, tanggal 12 Februari 2010. 
6. Surat Keputusan Direktur Jenderal Perikanan Tangkap Nomor : 13/KEP-DJPT/2016, tanggal 18 Februari 2016, tentang : Penugasan Pegawai Negeri Sipil Pada UPTD Pelabuhan Perikanan Dalam Rangka Pembangunan Sentra Perikanan Terpadu Di Pulau-pulau Kecil Terluar (PSPTP2KT) dan Lingkar Luar Wilayah.
7. Surat Keputusan Direktur Jenderal Perikanan Tangkap Nomor : 14/KEP-DJPT/2017, tanggal 18 Februari 2017, tentang : Penugasan Pegawai Negeri Sipil Pada Unit Pelaksana Teknis Pelabuhan Perikanan Perintis Dalam Rangka Pengelolaan Pelabuhan Perikanan.
8. Surat Direktur Jenderal Perikanan Tangkap Nomor : B.17412/DJPT/PI.330.D3/XII/2017, tanggal 29 Desember 2017, tentang : Ijin Operasional Pelabuhan Perikanan (PP) Merauke.
9. Keputusan Menteri Kelautan dan Perikanan Republik Indonesia Nomor : 43/KEPMEN-KP/2018, tanggal  1 Maret 2018, tentang : Penetapan Pelabuhan Perikanan Merauke Sebagai Pelabuhan Perikanan Nusantara Merauke, Kabupaten Merauke - Provinsi papua.

Pelabuhan Perikanan Nusantara Merauke telah beroperasi melayani aktivitas kapal-kapal perikanan yang beroperasi di WPPNRI - 718 .