Sanitasi di suatu pelabuhan perikanan merupakan suatu hal yang sangat penting pengaruhnya terhadap kualitas ikan yang didaratkan. Ikan merupakan produk yang cepat dan mudah membusuk, sehingga membutuhkan penanganan yang cepat, bersih, cermat dan dingin. Kualitas ikan di suatu pelabuhan perikanan akan menentukan harga di pasaran.
Adapun salah satu hal yang dapat dilakukan dalam mempertahankan kualitas ikan yang didaratkan adalah dengan melakukan pelaksanaan sanitasi antara lain menyapu dan menyemprot lantai dermaga bongkar ikan dan lantai TPI setiap kali selesai proses pembongkaran dan pelelangan ikan. Selain itu juga menjaga kebersihan peralatan-peralatan bongkar ikan seperti meja sortir, keranjang/blong, gerobak/kereta dorong dan timbangan ikan.
Hal tersebut telah dilaksanakan di Pelabuhan Perikanan Nusantara Sibolga. Dimana kegiatan bongkar ikan dari kapal dan pelelangan ikan yang semakin meningkat, sehingga semakin dituntut dalam penjagaan sanitasi baik di dermaga bongkar ikan, lantai TPI dan juga kebersihan peralatan-peralatan bongkar ikan yang digunakan. Seperti halnya di Pelabuhan Perikanan Nusantara Sibolga, setiap selesai proses pembongkaran ikan dan pelelangan ikan, maka wajib melaksanakan pelaksanaan sanitasi yaitu dengan membersihkan terlebih dahulu peralatan-peralatan bongkar ikan yang telah selesai digunakan, menyapu dan menyiram lantai dermaga bongkar ikan dan juga lantai TPI. Petugas yang bertanggung jawab dalam penjagaan sanitasi ini adalah Petugas Pelayanan Jasa dan Fasilitas, dimana dalam hal pelaksanaannya petugas tersebut dibantu oleh petugas kebersihan dalam pelaksanaan kebersihan. Dengan adanya pelaksanaan sanitasi ini, maka dermaga bongkar ikan dan TPI Pelabuhan Perikanan Nusantara Sibolga tetap terjaga kebersihannya.