Kesyahbandaran Pelabuhan Perikanan Nusantara Prigi bersama KSOP Kesyahbandaran dan Otoritas Pelabuhan Pasuruan melakukan Verifikasi atau pengukuran ulang kapal perikanan. Pengukuran dilakukan bukan dalam rangka penegakan hukum saja tetapi sebagai upaya memberi kemudahan kepada pemilik kapal dalam pengurusan dokumen kapal dan dokumen perizinan kapal hasil ukur ulang.
Kementerian Perhubungan cq. Direktorat Jenderal Perhubungan Laut melihat dengan jelas bahwa verifikasi atau pengukuran ulang kapal perikanan merupakan tindaklanjut dari kajian Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK) tentang Sistem Pengelolaan Ruang Laut dan Sumber Daya Kelautan Indonesia pada tahun 2014 yang menemukan permasalahan terkait ketatalaksanaan pengelolaan sumberdaya kelautan serta menemukan beberapa kapal yang dinilai melakukan mark down yang berujung pada pengukuran ulang seluruh kapal penangkap ikan.
Adanya kapal-kapal yang Gross Tonase GT Kapal tertulis di surat ukur berbeda dengan fisik kapal yang mendorong Direktorat Jenderal Perhubungan Laut Kemenhub menerbitkan Surat Edaran Nomor UM.003/47/16/ DJPL-15 tanggal 10 Juli 2015 tentang Verifikasi atau Pengukuran Ulang Terhadap Kapal Penangkap Ikan. Dan Surat Edaran Menteri Perhubungan RI no. UM.003/15/151/SYB.TPR-16 tanggal 22 Juli 2016 tentang Validasi data kapal penangkap ikan mendukung program INAPORTNET. Dengan adanya surat edaran tersebut berkembang isu dari para pengusaha kapal penangkap ikan yang menyebutkan bahwa verifikasi atau pengukuran ulang kapal penangkap ikan telah mempersulit para pengusaha kapal penangkap ikan yang harus menyesuaikan wilayah penangkapan perikanan sesuai Zona Wilayah Penangkapan Perikanan (WPP) sebagai akibat terjadinya perubahan tonase kapal setelah dilakukan pengukuran ulang, Direktur Jenderal Perhubungan Laut menegaskan bahwa verifikasi ini dilakukan dalam rangka pelayanan jasa transportasi laut yang bersih, cepat dan transparan yang tentunya hal ini akan memberikan dampak yang positif bagi para pengusaha perikanan di Indonesia.
Hingga bulan Oktober 2016 Direktorat Jenderal Perhubungan Laut melalui Direktorat Perkapalan dan Kepelautan telah melakuan verifikasi atau pengukuran kapal penangkap ikan sebanyak 2.223 kapal dengan berbagai ukuran Gross Tonnage (GT) dari total 15.800 unit kapal penangkap ikan yang tersebar pada 169 UPT pelabuhan yang memiliki kode pengukuran kapal. Sedangkan untuk Pelabuhan Perikanan Nusantara Prigi sendiri ada 44 kapal yag sudah mendaftar pengukuran, dari 44 kapal yang medaftar ada 34 kapal yang diukur ulang dan 10 kapal yang tidak bisa diukur ulang karena belum mempunyai surat ukur dan harus melakukan pengurusan baru.