Sejak berdiri tahun 2017, UPT PPP Popoh dibawah Dinas Kelautan dan Perikanan Provinsi Jawa Timur sesuai dengan Surat Keputusan Pembentukan sesuai dengan Peraturan Gubernur Jawa Timur Nomor 115 Tahun 2016 tentang Nomenklatur, Susunan Organisasi, Uraian Tugas dan Fungsi Serta Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Dinas Kelautan dan Perikanan Provinsi Jawa Timur. Dengan status tersebut, maka mulai tahun 2017, UPT P2SKP Popoh resmi berdiri dan telah berhak melakukan fleksibilitas pengelolaan Pelabuhan seperti pendapatan murni dari tarif layanan dan penyerapan anggaran operasional pelabuhan termasuk melaksanakan kegiatan teknis operasional dan kegiatan teknis penunjang tertentu. Dalam hal ini UPT P2SKP Popoh merupakan pelabuhan perikanan yang masih belum sempurna sehingga perlu upaya untuk pembangunan dan pembenahan diberbagai sektor untuk mengembangkan potensi yang ada.

Selanjutanya pada tahun 2018 peraturan gubernur tersebut mengalami perubahan menjadi Peraturan Gubernur Nomor 74 tahun 2018 tentang Nomenklatur, Susunan Organisasi, Uraian Tugas dan Fungsi Serta Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Dinas Kelautan dan Perikanan Provinsi Jawa Timur dan merubah nama instansi menjadi UPT Pelabuhan Perikanan Pantai Popoh dengan wilayah kerja meliputi kabupaten Tulungagung dan Blitar.

Pada tahun 2019, berkaitan dengan perubahan nomenklatur tersebut maka UPT P2SKP Popoh menjadi UPT Pelabuhan Perikanan Pantai Popoh dan memiliki instalasi Pelabuhan Perikanan Pantai (PPP) Tambakrejo, Blitar. IPPP Tambakrejo merupakan marger dari UPT P2SKP Tambakrejo sehingga bergabung dengan dasar masuk kedalam wilayah kerja dari UPT PPP Popoh.