UPTD PPI Dufa-Dufa di bangun pada tahun 2006, maksud dan tujuan dibangunnya UPTD PPI Dufa-dufa ini mengingat letak geohrafis Kota Ternate yang luas wilayahnya lebih didominasi oleh lautan kurang lebih 85 % dan wilayah daratan 15 % maka kebijakan dari pemerintah daerah kota membentuk sebuah lembaga yang kedudukannya dibawah Dinas Kelautan dan Perikanan, dengan kondisi geografis maka dipandang perlu oleh Pemerintah Daerah Kota Ternate mengambil langkah-langkah strategis dan pertimbangan ekonomi sosial budaya masyarakat Kota Ternate yang notabenenya beraktifitas diwilayah pesisir pantai yang sangat membutuhkan sarana penunjang sehingga dapat menunjang aktifitas masyarakat khususnya para nelayan, dengan adanya lembaga tersebut pemerintah Daerah Kota Ternate meningkatkan pembinaan dan mengawasi segala aktifitas dibidang kelautan dan perikanan, serta meningkatkan kesejahteraan masyarakat pesisir khususnya nelayan dengan memperioritaskan pengelolaan sumberdaya perikanan yang berbasis kelangsungan sumberdaya lestari dan berkesinambungan dengan memperioritaskan antara lain.

1. meningkatkan Pengelolaan Potensi Sumberdaya Perikanan.

2. memenuhi kebutuhan sarana dan prasareana bagi nelayan

3. mendukung pengembangan ekonomi masyarakat pesisir berbasis kelautan.

4. meningkatkan taraf ekonomi Masyarakat Nelayan.

5. mendapatkan dukungan dan bantuan dana guna pelaksanaan pengembangan perluasan pangkalan pendaratan ikan.

6. menjaga daya dukung antara daratan dan lautan guna menunjang pertumbuhan ekonomi. serta keseimbangan sumberdaya alam, meningkatkan peran serta masyarakat dalam pemanfaatan sumberdaya perikanan, sehingga terciptanya pengelolaan sumberdaya perikanan yang terpadu dan berkesinambungan.

UPTD PPI dibentuk berdasarkan Peraturan Walikota Ternate Nomor 12 Tahun 2006 Tentang Pembentukan UPTD Pangkalan Pendaratan Ikan (PPI) Dinas Kelautan dan Perikanan Kota Ternate, mempunyai tugas pokok dan fungsi sebagai pelaksanaan pengelolaan, penyelenggaraan tata operasional, penyelanggaraan kegiatan teknis administrasi, pembinaan pengawasan dan pengendalian pada kapal pengawasan dan pengadilan pada kapal perikanan, nelayan, perusahaan ikan dan pelaksanaan koordinasi dengan unit terkait baik pemerintah maupun swasta. 

UPTD PPI Dufa-dufa terletak dikelurahan Dufa-dufa Kecamatan Ternate Utara Propinsi Maluku Utara. Jarak UPTD PPI Dufa-dufa ke pusat kota kurang lebih 5 km. UPTD PPI dufa-dufa sampai dengan tahun 2016 mempunyai jumlah pegawai sebanyak 20 orang yang terdiri dari 7 PNS dan 13 Pegawai kontrak.