Pelabuhan Perikanan Poumako dibangun oleh Pemerintah Kabupaten Mimika tahun 2012, proses pembangunan pelabuhan berjalan selama kurang lebih 3 tahun dan akhirnya berhasil diresmikan oleh Bupati Kabupaten Mimika tahun 2015. Namun, Fungsi Pemerintahan dan Fungsi Pengusahaan yang berhubungan dengan pengelolaan dan pemanfaatan sumber daya ikan untuk selanjutnya dapat dijalankan di tahun 2017 oleh Pemerintah Daerah Kabupaten Mimika.  

Sejalan dengan terbitkannya undang-undang 23 tahun 2014 yang mengatur pembagian kewenangan dalam pengelolaan wilayah perairan laut, maka kewenangan Pelabuhan Perikanan Poumako yang semula diatur oleh Pemerintah Daerah Kabupaten Mimika, kini dialihkan ke Pemeritah Provinsi Papua sampai dengan tahun 2022 kewenangan tersebut masih berlaku.

Dengan disahkannya undang-undang nomor 15 tahun 2022 tentang pembentukan provinsi papua tengah, maka kewenangan pengelolaan Pelabuhan Perikanan Poumako bergulir dari Provinsi Papua ke Provinsi Papua Tengah.