Cikal Bakal Pelabuhan Perikanan Mayangan Kota Probolinggo mulai didirikan pada tahun 2000 ketika Pangkalan Pendaratan Ikan (PPI) Mayangan dibangun dengan gabungan dana dari APBN, APBD Provinsi Jawa Timur, APBD Kota Probolinggo serta dana luar negeri SPL-OECF. Status PPI ini kemudian meningkat menjadi Pelabuhan Perikanan Pantai di tahun 2004 dengan nama Unit Pengelola Pelabuhan Perikanan Pantai Mayangan (UPPPP Mayangan) dan ada tanggal 23 Mei 2014,  Gubernur Jawa Timur menertapkan UPPPP Mayangan berubah menjadi Unit Pelaksana Teknis Pelabuhan Perikanan Mayangan(UPT PP Mayangan)

Tujuan awal dibangunnya Pelabuhan Perikanan Mayangan Kota Probolinggo adalah untuk menampung dan melayani aktifitas perekonomian berbasis perikanan yang dilakukan oleh nelayan baik pendatang maupun nelayan asli Kota Probolinggo. Sebelum berdirinya Pelabuhan Perikanan Mayangan, aktifitas perikanan tangkap di Kota Probolinggo dilaksanakan di beberapa pemukiman nelayan yang tersebar di penjuru kota, serta dengan memanfaatkan Pelabuhan Umum dan Niaga Tanjung Tembaga sebagai pusat Pendaratan ikan. Kegiatan perikanan yang barcampur dengan aktifitas kepelabuhanan umum sangat tidak sesuai dengan prinsip sanitasi dan higienitas, sehingga muncul ide untuk memfasilitasi kegiatan penangkapan ikan di Kota Probolinggo dengan cara membangun sebuah Pelabuhan Perikanan yang representatif sehingga dapat tercapai tujuan bersama untuk

• Menyediakan fasilitas pelabuhan yang mendukung operasional kapal perikanan;
• Meningkatkan mutu dan kuantitas hasil perikanan;
• Meningkatkan pendapatan dan kesejahteraan nelayan serta penyerapan tenagakerja;
• Meningkatkan peran serta Pelabuhan Perikanan sebagai fasilitator pada sektor perikanan.

Sedangkan sasaran yang akan dicapai :

• Meningkatnya fasilitas Pelabuhan yang sesuai dengan masterplan;
• Meningkatkan peran aktif pelayanan umum pada pengguna jasa fasilitas pelabuhan;
• Mendukung upaya pemberantasan Illegal, Unreported and Unregulated Fishing (usaha penangkapan ikan yang illegal, tidak tercatat dan tidak sesuai aturan);
• Menfasilitasi peran investor lokal maupun non lokal yang akan mengembangkan usaha di Pelabuhan Perikanan Mayangan Kota Probolinggo;
• Mengadakan sosialisasi Usaha Perikanan dan Pelelangan Ikan di TPI.

Sebagai pedoman dalam pelaksanaan tugas, Pelabuhan Perikanan Mayangan Kota Probolinggo memiliki misi ”Menuju Pelabuhan Perikanan Dengan Orientasi Pelayanan, Investasi dan Wisata Edukasi”.

Artinya bahwa dalam pelaksanaan tugas dan fungsi sebagai sebuah pelabuhan perikanan, Pelabuhan Perikanan Mayangan menekankan pada pelayanan terbaik yang dapat diberikan bagi masyarakat khususnya nelayan dan pengguna jasa untuk menjamin keberlangsungan usaha perikanan sebagai penyokong terciptanya iklim investasi di kawasan pelabuhan perikanan serta menjadikan kawasan pelabuhan perikanan sebagai salah satu pilihan kawasan wisata baru yang berbasis pendidikan.

Misi tersebut kemudian diwujudkan dalam enam buah target perencanaan operasional yang strategis untuk meningkatkan koordinasi Pemerintahan antara lain :

1. Mewujudkan pelaksanaan pelayanan prima dan koordinasi dalam tugas operasional;

2. Terlaksananya pengendalian dan pengawasan penangkapan ikan pada sumberdaya KP;

3. Menyediakan fasilitas dan jasa yang berorientasi pada tingkat kebutuhan dan pertumbuhan usaha perikanan;

4. Mendorong terciptanya iklim usaha yang kondusif guna menarik dukungan Investor;

5. Mengembangkan teknologi penangkapan ikan yang produktif dan ramah lingkungan;

6. Mendukung pengembangan SDM di bidang KP.